Vid manuskonferensen ventileras ett i stort sett komplett avhandlingsmanus. Om det rör sig om en monografiavhandling bör samtliga kapitel finnas med och vara så långt framskridna att det tydligt framgår hur den slutliga produkten kommer att se ut. En sammanläggningsavhandling bör innehålla samtliga artiklar (även om de ännu inte är accepterade för publicering) samt en kappa.

Manuskonferensen går till så att huvudhandledaren, efter samråd med biträdande handledare, doktorand och studierektor för forskarutbildningen, bjuder in ca 4-6 utvalda personer att delta i ett halvdagsseminarium om avhandlingstexten. De som bjuds in bör företrädesvis vara från institutionen, men kan även komma från en annan institution (eller disciplin). Minst en, gärna två, av de inbjudna bör vara doktorander. Om någon som inte bjudits in ändå önskar delta i manuskonferensen ska det vara tillåtet, efter medgivande av handledaren, förutsatt att personen har läst manuset i förväg.

Som regel bör de inbjudna förväntas ha läst hela texten, men man kan även tänka sig en arbetsfördelning där olika läsare ombetts koncentrera sig på olika delar. Tonen bör vara informell och inslaget av kontroll minimalt, för att ge doktoranden så bra feedback som möjligt på den presenterade texten. Det innebär även att rimligt med tid bör anslås mellan manuskonferensen och disputationen för att nödvändiga förändringar och förbättringar verkligen ska kunna genomföras.

Sex lektorstimmar anslås för att arvodera deltagare och/eller för att betala eventuell resa för extern deltagare. I normalfallet bör extern deltagare betalas 1-2 lt (justerat efter resekostnad), doktorand/er 1 lt, och övriga deltagare från institutionen, med undantag för grönläsarna eller eventuella professorer, 1 lt. Därutöver betalar institutionen för lokal och fika.

Efter seminariet sammanträder handledare och doktorand för att diskutera avhandlingsmanusets kvalitet och vad som i första hand bör åtgärdas före grönläsning. Två av de inbjudna deltagarna ska även fungera som grönläsare. Den tilltänkta opponenten vid disputationen eller någon av de externa medlemmarna i betygsnämnden får däremot inte delta i manuskonferensen.